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fwangj 发表于 2007-12-14 11:20

AutoDock使用札记(2)虚拟筛选

接着上贴介绍的AutoDock分子对接，这里对其在虚拟筛选中的使用作一介绍：
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※※※※※※ AutoDock用于虚拟筛选 ※※※※※※

利用AutoDock进行虚拟筛选：I.目录结构：
$VSTROOT
$VSTROOT/Results/
$VSTROOT/scripts/
$VSTROOT/VirtualScreening/
$VSTROOT/VirtualScreening/etc：预先对晶体复合物进行分子对接，用于重现晶体结构结合模式，以此考察分子对接软件是否适用于改体系。
$VSTROOT/VirtualScreening/Ligands：包含所有小分子（pdbqt格式）
$VSTROOT/VirtualScreening/Receptor:包含所有受体和参照分子文件（pdbqt格式），以及通过gpf生成的map文件,xyz文件（(grid size file)，fld文件（grid field file）。
$VSTROOT/VirtualScreening/Dockings：虚拟筛选时，对于每个小分子产生目录。在各目录中：将../Ligands/中对应的小分子文件复制到此处；为../Receptor/中macro.pdbqt以及*map*在此处建立快捷方式；通过python脚本prepare_dpf4.py生成dpf文件；运行autodock进行分子对接。

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利用AutoDock进行虚拟筛选：II.脚本解析（csh）
i)将配体的mol2文件转化为pdbqt文件(脚本，Ligands目录）：
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#!/bin/csh
foreach f(*.mol2)
        pythonsh $adtpy/prepare_ligand4.py -l $f  [-o "$f"qt] [-d ligand_dict.py]
end

##########################

OR：

##########################
#!/bin/bash
for f in *.mol2
do
        pythonsh $adtpy/prepare_ligand4.py -l $f  [-o "$f"qt] [-d ligand_dict.py]
done

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注：
        -d:生成文件记录每个分子中的原子类型信息，用于下面的autogrid计算。

ii)准备受体对接文件（Receptor目录:*.gpf,*.map,*.fld）
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        $pythonsh $adtpy/prepare_receptor4.py -r macro.mol2 [-o macro.pdbqt] -C
        $pythonsh $adtpy/prepare_gpf4.py -r macro.pdbqt -l lig.pdbqt
        $autogrid4 -p macro.gpf -l macro.glg

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注：
        编辑gpf文件，添加足够多的配体原子类型，然后一劳永逸地对每个原子类型进行格点能量计算。原子类型详见上一部分。


iii)准备晶体结构中配体对接文件(etc/目录)
        $cd etc
        $mkdir 2cdz
        $cd 2cdz
        $cp ../../Ligands/2cdz_lig.pdbqt .
        $ln -s ../../Receptor/2cdz.pdbqt .
        $ln -s ../../Receptor/2cdz*map* .
        $pythonsh $adtpy/prepare_dpf4.py -l 2cdz_lig.pdbqt -r 2cdz.pdbqt [-o 2cdz_lig_2cdz.dpf] -p ga_num_evals=25000000 -p ga_run=100
        $autodock4  -p 2cdz_lig_2cdz.dpf -l lig_2cdz.dlg
        $tail ind_x1hpv.dlg
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iv)准备配体对接文件(脚本，Docking目录)：
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#!/bin/bash
cd Ligands
ls *.pdbqt > ../etc/ligand.list
cd ../Docking
for i in $(cat ../etc/ligand.list)
do
        f=${i%.pdbqt}
        mkdir $f
        cd $f
        cp ../../Ligands/$i .
        ln -s ../../Receptor/*map* .
        ln -s ../../Receptor/macro.pdbqt .
        pythonsh $adtpy/prepare_dpf4.py -l $i -r macro.pdbqt [-o ${f}_macro.dpf] -p ga_num_evals=25000000 -p ga_run=2
                cd ..
done

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注：
        ${f}_macro.dpf，调用变量${f}，可以避免混淆；如果不加（i.e. $f_macro.dpf)，系统会识别变量为"${f_macro}.dpf，这样，由于未定义f_macro这个变量，返回的值为".dlg"

       
v）进行分子对接(脚本，Docking目录)：
#########################
#!/bin/bash
for i in $(cat ../etc/ligand.list)
do
        f=${i%.pdbqt}
        autodock4 -p ${f}_macro.dpf -l ${f}_macro.dlg
done
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※※※※※※AutoDock Tools简介※※※※※※
AutoDock Tools属于MGLTools软件，这是MGL小组开发的图形软件，包含3个模块：ADT,PMV和Vision。

MGLTools is a software developed at the Molecular Graphics Lab (MGL) of the Scripps Research Institute for visualization and analysis of molecular structures. Short description and demo of its three main applications is given below. Navigation portlet on the left has links to downloads, screenshots, documentation section of this website where you can find more information about MGLTools.

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安装MGLTools：两种方法：
方法一：
1、下载MGLTools-1.4.5-Linux-x86-Install(32-bit)
[url]http://mgltools.scripps.edu/downloads/instructions/linux[/url]
2、$chmod +x MGLTools-1.4.5-Linux-x86-Install
3、su 切换为root
4、#./MGLTools-1.4.5-Linux-x86-Install
启动安装界面，默认路径为/usr/local/MGLTools-1.4.5
5、设定环境变量和系统路径：
#vi /etc/bashrc
        export MGL_ROOT=/usr/local/MGLTools-1.4.5
        PATH=$MGL_ROOT/share/bin: $MGL_ROOT/i86Linux2/bin: $PATH
        :wq
6、退出root用户，并source /etc/bashrc

方法二：
如果安装文件MGLTools-1.4.5-Linux-x86-Install不能运行，可以下载压缩文件 mgltools_i86Linux2_1.4.5.tar.gz(32-bit)，解压后进行安装
$source install.sh
出现图形界面，选择non－commercial，自动选中agree，点击continue继续安装成功，设定变量和路径。

注：两种安装方法都会出现图形界面，所以如果远程字符界面安装，建议使用第一种方法先在本地安装，再将安装好的目录压缩上传至远程目录，解压后设定变量即可。而第二种方法中会有数个压缩文件与已解压文件重复，增大容量，不建议用于以上操作。

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[[i] 本帖最后由 fwangj 于 2007-12-14 11:22 编辑 [/i]]

ostril 发表于 2007-12-27 06:56

谢谢，谢谢楼主的慷慨大方。

xufund 发表于 2008-1-6 22:03

:) 请问你在ubuntu系统下安装过autodock吗？能否给个说明？我正在学习ubuntu和autodock。希望能多交流。谢谢！

sarah 发表于 2008-10-19 14:02

3x 4晒ing  :)

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