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jeffryyang 发表于 2008-10-6 10:34

如何从蛋白的ca atoms 构建 backbone atoms ?

大家好,我有一个x-ray测得的蛋白结构,但是其中一段序列只有ca atoms 被大致确定了,而且有很大的b-factor(100); 我现在想从ca atoms通过软件补全backbone atoms(ca+o+n+c), 但是不知有什么软件比较适合做这个事情。

我在网上看到一个用mmtsb([url]http://blue11.bch.msu.edu/mmtsb/complete.pl[/url])和scwrl([url]http://dunbrack.fccc.edu/SCWRL3.php[/url])结合来构建骨架原子,但是遗憾的是目前的MMTSB版本与SCWRL3.0不兼容。不知谁有SCWRL2.9x的版本能否发给我一份呢?

我的问题是:
如何从ca atoms通过软件得到更好的蛋白结构?我目前了解的方法大致分为两种,一是通过docking,第二是通过逐步构建蛋白原子ca -> backbone -> all atoms。

不知用什么方法和软件可以更适合我做的事情呢?

非常感谢!

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