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[问题求助] 在Gaussian中优化结构,需要固定一个二面角该如何做

在Gaussian中优化结构,需要固定一个二面角该如何做

优化过程中希望一个二面角保持不变,该怎么办呢,大家帮帮忙。

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回复 1楼的 hoc2h2 的帖子

假定这个两面角是用原子A,B,C,D确定的,那么拿这4个原子对应的结构中的排列序数1,2,3,4(具体视该原子在整个分子的排列次序)在输入文件输入完坐标后空一格,然后输入
复制内容到剪贴板
代码:
1 2 3 4 120.0 f
即可(假定固定值为120度,可根据具体情况更改).

另外记得输入的头文件用opt=addred

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  • asymmsyn 在2007-11-29 08:04 评分: 金币 +5 原因: 多谢参与
Have you said "Hi" to new chem8ers today?
http://chem8.org/bbs/thread-15957-1-1.html
How to get the ebooks I introduced?
http://chem8.org/bbs/thread-17039-1-1.html
谢谢MC

还想多问两句,如果前面的Z矩阵没有定义我要固定的二面角,不会对结果有影响吧。谢谢。

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回复 3楼的 hoc2h2 的帖子

我平常基本都用Cartesian coordinate,不过我想应该没问题.或者你看看最开始的输出文件里有没有frozen就知道了.

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If u use z-matrix, you have to add one more blank line or put the value to the matrix

0 1
H
H 1 R1
H 2 R2 1 A1
H 3 R3 2 A2 1 D1
(blank line)
R1=?
R2=?
R3=?
A1=?
A2=?
(blank line)
D1=?
(blank line)
End of file

or

0 1
H
H 1 R1
H 2 R2 1 A1
H 3 R3 2 A2 1 90.0

variables

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  • asymmsyn 在2007-11-29 17:04 评分: 金币 +5 原因: 多谢参与
Chemistry=Chem Is Try. "Learn from yesterday live for today hope for tomorrow. The important thing is not to stop questioning" - Einstein
Chem8资源供个人学术,避免恶意滥用传播,善用善止
谢谢两位。我还想继续问个问题,如果我想冻结的是分子的一部分,能不能方便的实现呢?如果分子稍微大一点,用MC介绍的办法不是要输入一堆命令了吗,能不能用GaussView实现,或者有固定原子在一个坐标的命令,谢谢。

找到办法了,在GaussView里面用Redundant Coord Editor

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