最近我们在做一种物质和蛋白质之间的实验，想求它们之间的结合常数。查了一些文献但是没有一种比较好的方法和公式，不知道各位高手能不能帮个忙。谢谢！

结合常数在理论上应该是对应与结合自由能的吧。 对于生物大分子， 应该可以用MM方法计算两者之间的结合能。找做生物分子模拟计算的同事帮忙算一下， 如果精度要求不是很高，且不是弱结合的话，似乎应该不是很难。

具体怎么算？

引用:

原帖由 twb46 于 2007-1-8 06:03 发表
具体怎么算？

如果是计算结合自由能的话，对于生物大分子，还是应该用MM方法，如果你是做计算的，找些文献和书籍看看，这个领域不难的，比QM方法容易一些。常规的MD计算中的自由能计算有TP(Thermodynamic Perturbation), TI(Thermodynamic Integration) 和 slow growth method.

如果你不是做计算的，而只是想再写文章时加入一些计算数据，建议你找个做计算的人合作。这样省时间！

有谁知道算啊？我的联系方式是twb46@163.com

引用:

原帖由 angus 于 2007-1-10 01:49 发表


如果是计算结合自由能的话，对于生物大分子，还是应该用MM方法，如果你是做计算的，找些文献和书籍看看，这个领域不难的，比QM方法容易一些。常规的MD计算中的自由能计算有TP(Thermodynamic Perturbation), T ...

在chem8寻求合作倒是一个很好的途径
  
   跟小木虫一类论坛比，这是chem8的优势

[ 本帖最后由 zhusiwei 于 2007-1-19 15:32 编辑 ]

据我有限的知识，这种结合能的计算远非易事。所谓binding energy，定义比较混乱，有时指内能，有时指自由能；有时不考虑水，有时考虑水。
关键看你想用这个量来干什么。

我建议你使用王任小博士开发的xscore
这是个基于经验的评分程序，主要对于分子对接后的复合物进行评分。
可以计算受体、配体之间的结合常数，并且可以考虑辅因子（cofactor）。
在我使用的过程中，感觉很准确。
评分值采用的是半数抑制浓度（单位mol/L）的负对数值，所以，如果评分值为6，预测的活性值能达到1um/L。
学术用户可以免费申请使用。以源代码发布，可以在各种平台下编译使用。
申请地址
http://sw16.im.med.umich.edu/software/xtool/

用法：
$xscore -fixmol2 docked_ligand.mol2 ligand_for_xscore.mol2  准备配体文件
$xscore -fixpdb receptor.pdb receptor_for_xscore.pdb 准备受体文件，输入文件为蛋白质，pdb格式，加极性氢
$xscore -score receptor_for_xscore.pdb cofactor.mol2 ligand_for_xscore.mol2

xscore的前身是score，score一次只能计算一个配体。
而xscore的功能更为强大，可以计算multimol2分子，就是把多个配体分子放在一个mol2文件中，作为输入文件，进行计算。
除此之外，xscore还可以计算化合物的logP值，用法
$xscore -logp compound.mol2

[ 本帖最后由 fwangj 于 2007-4-23 20:46 编辑 ]

不懂，不过刚才看到楼上的提到了bingding energy不同的时候表示不同的意思深有同感，看文献也遇到同样的问题。