不知道咱们这里是怎么做过渡金属的，我是刚入手，所以犯了很多低级错误，在这里说一下 ，大家随便BS，关键是防着后面有人犯同样的错误，hoho

   我现在做的是Pt的体系，cis-Cl2-Pt-R2，两个Cl原子处于cis-位置，但是我刚开始的时候，画分子时很粗心的把cis画成了trans结构，开始尝试做计算。。。。然后，当天晚些时候，重新检查分子结构，发现图画错了，于是改正，同时同组里面的同学告诉我做过渡金属，一般需要在路径部分输入“pseudo=read", 问他们是什么作用，他们也说的不是很清楚，反正有用，我就加了。

  但是今天无聊的时候用"SCF D",检查两个log文件发现，能量相差了

   2000 hartree

  !!!!
  
   后来请教老师，发现输出部分有如下不同：
   未加入”pseudo=read"时， 178 alpha electrons      178 beta electrons
   加入 "pseudo=read" 时， 128 alpha electrons      128 beta electrons
   
   也就是在用了"pseudo=read"关键字以后，电子数少了整整100个。后来老师帮我分析了这个原因：pseudo=read, 是一个对赝势场的定义（具体定义什么的详见gaussian手册），我只说直观的，加入这个关键字以后，饱和壳层的原子不再纳入考虑，把它们当做是核的一部分处理 。而不加这个关键字，计算的是全电子结构，所有的电子波函数都参与一次计算。简单的说，对于我做的体系，含有一个Pt原子，两个P原子，两个Cl原子。对于Pt而言，不加pseudo=read时，有78个电子，加时是18个电子（只算外层的，价电子)，Cl，不加时17电子，加7电子；P分别是15和5，刚好(60+10*2+10*2)=100个电子。

    总而言之，在加 "pseudo=read" 之后，整个分子的能量大大降低，但这种降低并非真实情况。所以我们在做有关于过渡金属的时候，一定要加这个关键字。

   现学现卖，说的比较粗俗，希望大家能够看懂。

You have to define the effect core potential and the corresponding valence basis sets to the heavy elements once you chose key word "pseudo=read".

呵呵，任何能省时间的设置在使用之前都要看清楚到底是怎么回事。
pseudo=read就是使用ECP基组，内层电子以势函数模拟，只剩下外层电子，自然显示电子和轨道数量减少。

呵呵，这里，有一点特别说明的是，我的分子有分层6-31g//lanl2dz，且在路径部分是加入了gen的关键字的，我以为大家都是这么做的，所以先前没有说明。这样当用pseudo=read时才能正确读入某一层(一般是内层原子)赝势场的模型(这在我的com文件中最后有定义)，而对其他层的原子不作处理，可是如果不加的话，就不读这个赝势场模型，而会一一去描述所有的电子。对于分层的体系而言，如果定义pseudo，不用gen，则会对体系内的所有原子采用同一赝势场定义；如果二者都没有定义，则不做赝势场处理。

  在机器资源允许的情况下，用含有ECP的基组做优化(比如lanl2dz)，将会用其自定义的赝势场来做运算。这与分层情况又有所不同。(这一点我也不清楚，因为这里计算资源太少，我们都得要分层)

  下面是我的优化在加入pseudo=read前后log文件的不同:
  前：Warning! Pt atom   29 has 78 valence electrons but only 22 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
      。。。。。。

  后：
Pseudopotential Parameters
=========================================================
Center       Atomic     Valence     ***********
Number     Number     Electrons
=========================================================
  1               6                   ******* No pseudopotential on this center.
  2               6                   ******* No pseudopotential on this center.
.......
.......
  17           15         5       ***********************
                        D and up
                                  1     462.1211423     -10.00000000
                                  2     93.6863701     -79.48646580
                                  2     21.2349094     -28.36682510
                                  2     6.3388415     -9.85775890
                                  2     2.0620684     -1.01637830
                        S - D
                                  0     78.0831823     3.00000000
                                  1     58.9576810     12.91041540
                                  2     36.0571255     150.02502980
                                  2     11.2464453     71.70831460
                                  2     2.6757561     23.03970120
                        P - D
                                  0     75.1617880     5.00000000
                                  1     57.4544041     6.34465070
                                  2     47.9481748     198.55851040
                                  2     18.4588360     111.14708200


  综上所述，再考虑到gaussian手册中讲的“选项Cards 是最常使用的方式。Gaussian 提供了一种新的有效核势(ECP)输入格式” 我的结论是，进行分层计算时，对于电子数较多的金属应该采取赝势场定义的原则。
   
  如果大家有不同意见，咱们再讨论讨论，吼吼

使用赝势基组比如lanl2dz，可以使用的格式是：
#b3lyp/lanl2dz
或者　
#b3lyp/gen pseudo=read (g03使用　genecp)
只写gen不写后面的，那是错误的。

如果只计算几个这样的原子，程序会出错退出，因为基组数目不够。（用pseudo=read就减少了很多个电子，需要的基组数目会减少，那才会够）

有时碰巧体系还包含许多其他原子，所有基组加在一起，碰巧够了，就会继续算下去，
但是能量也就完全不可信了。

引自haizhu的 “血的教训_关于pseudo=read”
总而言之，在加 "pseudo=read" 之后，整个分子的能量大大降低，但这种降低并非真实情况。所以我们在做有关于过渡金属的时候，一定要加这个关键字。

我不是很明白，加了 "pseudo=read" 之后能量数据是否可用？

BTW，能否共享一下你的 cis-Cl2-Pt-R2和 trans-Cl2-Pt-R2 的结构参数。不好意思，新手一个，不知这个要求是否过分

原贴中表述有误：
这句话应该是这样的：
总而言之，在不加"pseudo=read" 的时候，整个分子的能量大大降低，但这种降低并非真实情况。所以我们在做有关于过渡金属且用gen的时候，一定要加这个关键字。

这句话在我原贴中有错，不过因为本站是半小时后就不能再编辑，所以这个后来也没有改成。

关于这个能量的问题，我觉得你楼上讲得也很清楚~”使用赝势基组比如lanl2dz，可以使用的格式是：
#b3lyp/lanl2dz
或者　
#b3lyp/gen pseudo=read (g03使用　genecp)
只写gen不写后面的，那是错误的。“

你可以随便从晶体数据库里面导出一个比较简单的体系，在路径部分输入如下(其他的关键字按照你的需要自己加)：
b3lyp/gen pseudo=read opt
b3lyp/gen opt

运算结束后，检查log文件，搜索一下log文件中的”alpha"，比较两个不同的结果， 就可以看到我在原贴中所说到的现象。但是，有gen而没有pseudo=read的方法是错误的，这一点你必须清楚。

[ 本帖最后由 choscar 于 2007-6-9 01:09 编辑 ]

3x,that's very nice of you.

"有gen而没有pseudo=read的方法是错误的" "。所以我们在做有关于过渡金属且用gen的时候，一定要加这个关键字。"

Your statements are not completely right in some sense. We usually combine with "Gen" & "pseudo=read" for heavy elements, because there is no pople-typle basis set (e.g. 6-31G) for the heavy elements or save computational time. They can be different!!

Gen is related to basis set "The Gen keyword allows a user-specified basis set to be used in a Gaussian calculation" from Gaussian

Pseudo s related to Pseudo potential Read comment from ebwilson, yangxz & helpme
"requests that a model potential be substituted for the core electrons." from Gaussian

Genecp = Gen Pseudo=Read "designed for use in ONIOM calculations in which you want to use a general basis set with ECPs within one ONIOM layer."from Gaussian

Show you 2 counter examples. They are correct input files! However, these two examples show one more complicated issue. If I use Gen, then 5d functions is used. If I use use B3LYP/6-31G*, then 6d function is used!! Number. of basis set is silghtly different  
(see "Issues Arising from Pure vs. Cartesian Basis Functions" in http://www.gaussian.com/g_ur/m_basis_sets.htm)

1. using different pople-type basis sets
# b3lyp/gen

XXX

0 1
C xxxx yyyy zzzz
O xxxx yyyy zzzz
N xxxx yyyy zzzz
H xxxx yyyy zzzz

C H 0
6-31G*
*****
O N 0
6-31+G*
****

--------------
2. Fe of Heme (do not use pseudo potential =>  longer comptational time)
# b3lyp/gen

XXX

0 1
C xxxx yyyy zzzz
O xxxx yyyy zzzz
N xxxx yyyy zzzz
H xxxx yyyy zzzz
Fe xxxx yyyy zzzz

Fe C H 0
6-31G*
*****
O N 0
6-31+G*
****


---

引用:

原帖由 haizhu 于 2007-6-7 15:57 发表
原贴中表述有误：
这句话应该是这样的：
总而言之，在不加"pseudo=read" 的时候，整个分子的能量大大降低，但这种降低并非真实情况。所以我们在做有关于过渡金属且用gen的时候，一定要加这个关键字。

这句 ...

[ 本帖最后由 choscar 于 2007-6-9 09:44 编辑 ]

多谢指教。
不过我仍然觉得有些问题，因为在你所举的例子里面，对于原子都使用的6-31g*/6-31+g*的基组，这些基组本身并没有赝势场的定义，但是如果你对原子用lanl2dz基组的话，因为lanl2dz本身有一套赝势场的定义，所以用gen，而没有pseudo=read则是不对的。

我这样理解对么？